注釈ジャンボリー

生物医学科学者は、大規模なデータセットに集合的に注釈を付けることに慣れています。 大きなゲノムの配列決定を考えてみましょう – データは存在しますが、それは何を意味するのでしょうか??

基本的な質問には、各遺伝子がゲノム内のどこで停止し、どこから始まるのかが含まれます。 特定の遺伝子の機能的重要性は何ですか? 特定の遺伝子のタンパク質産物は細胞内のシグナル伝達ネットワークにどのように関与するのでしょうか?

上記の遺伝学の例だけでなく、他の分野の例にも当てはまります。最も重要な質問 (データは存在しますが、それは何を意味しますか?) は、あらゆる種類の情報源に確実に当てはまります。 歴史家はこのことを敏感に認識しています……

(also from Lincoln Stein – Genome annotation: from sequence to biology)

一部の文書には、上記のタルムードの例のように、原文を超える大量の注釈が追加されています。 他の文書は、現在および将来の学者による注釈をまだ待っています。 注釈を離散時間に正確に特定して長期的な分析を可能にできれば、時間の経過に伴う思考の進化を見ることができるでしょう。

スタインは、注釈の社会学について興味深い議論を提供しており、工場、博物館、パーティーなどのさまざまな組織モデルについて説明しています。

工場

主な機能: 原材料の自動ラベル付け。 初期の注釈作業 (遺伝学における、単純に遺伝子を見つけるだけ) に適しています。 ソースの広範だが浅いベースライン注釈につながります。 完璧な自動識別アルゴリズムや分類アルゴリズムはありません。 社会科学分野の場合、ソーステキストを個別の単位に分類する自動テキスト分類は、注釈の「工場モデル」に適合します。

博物館

主な特徴: 工場段階で特定されたものの機能的役割を解釈する。 遺伝学において、これは工場段階で遺伝子として特定されたものの機能的役割を解釈し、工場の最初の段階で予測アルゴリズムによって犯された間違いを修正することに似ています。 社会科学分野の場合、これはテキスト分類アルゴリズムを詳しく調べて、人間による検討の後に出現する可能性のある他のカテゴリに出力を厳選することに似ています。 同期する必要はなく、長期間にわたって発生する可能性があります。

パーティー

主な特徴: 専門家の同期的な取り組み – 同じ時間、同じ部屋で、ソース資料を掘り込みます。 過去にショウジョウバエの遺伝子、マウスの遺伝子、細胞型の注釈に関する「ジャンボリー」が開催されました。

教室はどうですか？ これらのモデルはどのように適合しますか?

ソース資料に注釈を付ける学生向け……

非同期で動作している場合、これは博物館のモデルと一致します。

同期/対面で作業している場合、これはパーティ モデルとよりよく一致します。

教師にとっては、生徒の注釈出力を評価することになり、この分析は、注釈出力を採点したり、より詳細に理解したりする上で価値があります。 たとえば、学生たちが注釈を付けているとき、どのような知識構築活動が行われていたのでしょうか? (この Web サイトの以前の議論とソース参照を参照してください)。 この知識構築の分類は、人間が分類の作業を行っているため、博物館やパーティーの分析モデルに似ています。

注釈出力の工場モデルについては、Perusall または Crowdlaaers を介した注釈の自動分析を確認できます。 確かに教室の教師も自動分析を再確認し、上記の博物館やパーティーの役割を引き受けています。

注釈は大切にされているのか、報われますか?

教室の例では、はい、段階的な評価を作成し、生徒の最終成績の何％かを考慮することができます。

工場: 大規模な生徒のクラス - 教師は全員を手動で採点することはできません

博物館: 少人数の生徒のクラスで、教師は注釈出力を手動で読んで採点できます。

他の学術著作物に注釈を付ける専門家向け: Hypothes.is には、注釈を引用するための推奨事項が記載されています。

最後に、Stein の論文に戻りますが、彼は、遺伝子ファミリーまたはその他の一連のデータベースの構成は、招待総説論文を書くのと同様に考慮されるべきであると提案しています。 注釈で行われている貴重な分析の功績を示すために、その著者には引用が提供されるべきです。